Fonte: http://cienciahacker.com.br
Primeiramente abra o terminal ou pressione
Ctrl + Alt + T

Insira no terminal o comando
# leafpad /etc/apt/sources.list
Adicione os seguintes links (que são os nossos repositório) e salve :
deb http://http.kali.org/ /kali main contrib non-free
deb http://http.kali.org/ /wheezy main contrib non-free
deb http://http.kali.org/kali kali-dev main contrib non-free
deb http://http.kali.org/kali kali-dev main/debian-installer
deb-src http://http.kali.org/kali kali-dev main contrib non-free
deb http://http.kali.org/kali kali main contrib non-free
deb http://http.kali.org/kali kali main/debian-installer
deb-src http://http.kali.org/kali kali main contrib non-free
deb http://security.kali.org/kali-security kali/updates main contrib non-free
deb-src http://security.kali.org/kali-security kali/updates main contrib non-free

Dê o seguinte comando para fazer o update:
# apt-get update

E depois:
# apt-get install
Nota: O processo todo é demorado,
podendo levar horas para ser feita toda a atualização. Com isso, temos a
atualização das ferramentas do Kali Linux.
Agora, caso queira atualizar a versão da distribuição do seu Kali, dê o seguinte comando:
# apt-get dist-upgrade && apt-get update
Para verificar a versão dele, escreva:
# cat /etc/issue.net; uname -ar
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